В новом пакете module-init-tools 3.8 изменилось месторасположение конфигурационных файлов: /etc/modprobe.conf более не используется, конфигурация теперь в /etc/modprobe.d/modprobe.conf. Файлы в /etc/modprobe.d с расширениями, отличными от .conf, в будущем будут игнорироваться.
Не забудьте поправить конфиги после обновления.