Пакеты нового TeXLive 2013 скоро должны появиться в [extra] и те, кто обновится с TeXLive 2012 при попытке воспользоваться TeX-ом (т.е. latex, xelatex, luatex) могут столкнуться с ошибкой следующего содержания:
(Fatal format file error; I'm stymied)
Это можно обнаружить в логе пакмана:
>>> texlive: recreating all formats...
/usr/bin/fmtutil: line 395: /usr/share/texmf/texconfig/tcfmgr: No such file or directory
fmtutil: config file `fmtutil.cnf' not found.
 done.
Если Вы не правили /etc/texmf, то для исправления ситуации проще всего будет перезаписать файлы конфигурации новыми .pacnew-файлами, появившимися при обновлении. Например, с помощью утилиты pacdiff.
После обновления конфигурации запустите следующую команду:
fmtutil-sys --all > /dev/null
Ошибок быть не должно, об их появлении сообщайте на баг-треккер.

Ну и, конечно, если просто удалить TeXLive 2012, а потом поставить TeXLive 2013, то никаких проблем возникнуть не должно.
такие дела.